United bước vào Cúp FA ở giai đoạn vòng thứ ba với các câu lạc bộ khác Premier League, cũng như từ Championship. Lễ bốc thăm được thực hiện vào ngày 02 tháng 12 năm 2012, với các trận đấu diễn ra vào cuối tuần vào ngày 06 tháng 01 năm 2013. United đã được rút thăm trong một trận đấu sân khách trước West Ham United.[6] Trận đấu đã kết thúc trong trận hòa 2-2 có nghĩa là United phải đối đầu với West Ham United một lần nữa, lần này tại Old Trafford vào ngày 16 tháng 01 năm 2013, đánh bại họ 1-0 hành trình của giải đấu.

Lễ bốc thăm cho vòng thứ tư diễn ra vào ngày 06 tháng 01 năm 2013, và United được chơi trên sân nhà vào ngày 26 Tháng 01 khi tiếp đón Fulham,[7] và United thắng 4-1.

Lễ bốc thăm cho vòng thứ năm diễn ra vào ngày 27 Tháng 01 năm 2013, và United lại thi đấu trên sân nhà khi tiếp đón câu lạc bộ đang chơi ở Premier League là Reading.[8] Trận đấu diễn ra ngày 18 tháng 02 năm 2013 và United giành chiến thắng 2-1.[9]

Lễ bốc thăm cho vòng thứ sáu diễn ra vào ngày 17 tháng 02 năm 2013, và lại một lần nữa United được chơi trên sân nhà,[10] lần này tiếp đón vị khách Chelsea.[11] Trận đấu diễn ra vào ngày 10 tháng 03 năm 2013 đã kết thúc trong một trân hòa 2-2 đồng nghĩa với việc United phải đối đầu với Chelsea một lần nữa, lần này là tại Stamford Bridge vào ngày 01 tháng 04. Trận đấu đã kết thúc với United thua 1-0, có nghĩa là United đã bị đánh bật ra khỏi giải đấu FA Cup, còn với Chelsea tiếp tục phải đối mặt với Manchester City trong trận bán kết.